蛋白质与DNA的相互作用学习资源.ppt
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1、,蛋白质与DNA的相互作用 刘兴汉哈尔滨医科大学生物化学与分子生物学教研室,分类:与单链RNA结合 与茎环结构结合 与双链DNA结合:普遍性结合 特异性结合,蛋白质与DNA结合的特性:1.DNA识别部位有二度对称性。蛋白质一般是有二度对称结构的二聚体,两个单体具有旋转对称性,与硷基的旋转对称吻合。2.蛋白质和DNA的接触区只在DNA的一侧。3.在结合过程中,蛋白质和DNA都有构像改变。4.普遍性结合:蛋白质中带正电荷氨基酸与DNA骨架的磷酸基团形成离子键。5.特异性结合:识别螺旋区内氨基酸与DNA特定硷基接触。,二重轴对称 GCATCT TCTACG CGTAGA AGATGC 二重旋转对称
2、GCATCT AGATGC CGTAGA TCTACG旋转对称 GCATCT CGTACA CGTAGA GCATGT,蛋白质与DNA特异性结合中DNA特点:大沟内存在特异性识别信息 氨基酸与碱基对共平面 氨基酸和碱基对之间形成氢键,N,N,O,H,N,N,N,H,N,N,O,N,H,C,O,O,C,C,N,H,H,N,H,H,H,Glu,Agr,H,蛋白质与DNA普遍结合中蛋白质特点:-折叠结构的带正电荷残基与磷酸集团结合 可能是通过识别小沟结构实现 1.富含脯氨酸和碱性氨基酸 组蛋白有重复的SPKK Ser/Thr-Pro-Lys/ArgLys/Arg PRGRP序列与A-T碱基对结合 K
3、PRGRPK序列也能与小沟A-T结合 2.碱性螺旋 组蛋白H1C端57个氨基酸 Lys和Gly,Lys在螺旋两侧,Gly夹在中间,3.蛋白磷酸化作用 SP X X:Ser磷酸化 TPKK:Tyr磷酸化 磷酸化后和DNA结合能力下降 磷酸化失去氢键,蛋白质与DNA特异性结合中蛋白质特点:1.蛋白质多形成二聚体,HTH复合物,同源盒结构,亮氨酸拉链结构,NH2,COOH,碱性氨基酸Agr和Lys,锌指结构,Agr和G形成氢键,细胞核蛋白质的提取 收集细胞,洗去血清和培养基 裂解细胞:Triton X-100 NP-40 去胞浆成分 裂解细胞核:高浓度KCl:600mM 变更缓冲液浓度,快速抽提 裂
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