理学生物化学与分子生物学八年制课件26.ppt
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1、目目 录录第二十五章第二十五章基因结构分析的基本基因结构分析的基本策略策略Basic strategy for analyzing gene structure 目目 录录主要内容:主要内容:第一节第一节 基因序列结构的生物信息学检索和比对基因序列结构的生物信息学检索和比对 分析分析第二节第二节 基因转录起始点的鉴定基因转录起始点的鉴定第三节第三节 启动子的结构及功能分析启动子的结构及功能分析第四节第四节 编码序列结构分析编码序列结构分析 目目 录录第一节第一节 基因序列结构的生物信息学基因序列结构的生物信息学检索和比对分析检索和比对分析目目 录录就就是是在在数数据据库库中中对对基基因因序序列
2、列或或DNADNA序序列列进进行行 比比对对分分析析,以以其其能能够够推推测测出出其其结结构构、功功能能及及在在进化上的联系进化上的联系.比对方法:比对方法:1.1.双重比对双重比对 2.2.多序列比对多序列比对序列比对目的:序列比对目的:判断两个或多个序列间是判断两个或多个序列间是否具有足够的相似性否具有足够的相似性从而判断二者之间是否具从而判断二者之间是否具有同源性有同源性直接的数量关系直接的数量关系进化上曾具有共同祖先进化上曾具有共同祖先基因或基因或DNADNA序列比对序列比对目目 录录序列比对的结果:序列比对的结果:取代取代插入插入缺失缺失Mouse:GGKDSCQGDSGGPVVCN
3、G-QLQGVVSWGDGCAQKNKPGVYTKVYNYVKWIKNTIAANCrayfish:GGKDSCQGDSGGPLAASDTGSTYLAGIVSWGYGCARPGYPGVYTEVSYHVDWIKANAV-缺失?缺失?保守序列保守序列保守序列:保守序列:可能是共同进化的标志可能是共同进化的标志可能并不代表功能的重要性可能并不代表功能的重要性插入?插入?当两个序列非常相似时,是否一定当两个序列非常相似时,是否一定说明它们具有相似的功能?说明它们具有相似的功能?目目 录录NCBI数据库数据库NCBI首先创建首先创建GenBank数据库数据库 于于19911991年年开开发发了了Entre
4、z数数据据库库检检索索系系统统,该该系系统统整整合合了了GenBank、EMBL、PIR和和SWISS-PROT等等数数据据库库的的序序列列信信息息以以及及MEDLINEMEDLINE有有关关序序列列的的文文献献信信息息,并并通通过过相相关关链链接接,将将他他们有机地结合在一起们有机地结合在一起NCBI还还提提供供了了其其他他数数据据库库,包包括括在在线线人人类类孟孟德德尔尔遗遗传传(OMIM)、三三维维蛋蛋白白结结构构的的分分子子模模型型数数据据库库(MMDB)、人人类类 基基 因因 序序 列列 集集 成成(UniGene)、人人 类类 基基 因因 组组 基基 因因 图图 谱谱(GMHG)、
5、生物门类()、生物门类(Toxonomy)等数据库等数据库目目 录录目目 录录1.1.各种数据库的介绍各种数据库的介绍(1)Nucleotide该数据库由国际核苷酸序列数据库成员美国该数据库由国际核苷酸序列数据库成员美国国立卫生研究院国立卫生研究院GenBank、日本、日本DNADNA数据库数据库(DDBJ)和英国和英国Hinxton Hall的欧洲分子生物学的欧洲分子生物学实验室数据库实验室数据库(EMBL)三部分数据组成)三部分数据组成三个组织每天交换各自数据库中的新增序列三个组织每天交换各自数据库中的新增序列实现数据共享实现数据共享目目 录录(2)Genome即即基基因因组组数数据据库库
6、,提提供供了了多多种种基基因因组组、完完全全染染色体、重叠序列图谱以及一体化基因物理图谱色体、重叠序列图谱以及一体化基因物理图谱(3)Structures即结构数据库或称分子模型数据库即结构数据库或称分子模型数据库(MMDB),包,包含来自含来自X X线晶体学和三维结构的实验数据线晶体学和三维结构的实验数据NCBI已已经经将将结结构构数数据据交交叉叉链链接接到到书书目目信信息息、序序列列数数据据库库和和NCBI的的Taxonomy中中运运用用NCBI的的3D结结构构浏浏览览器器和和Cn3D,可可以以很容易地从很容易地从Entrez获得分子的分子结构间相互作用的图像获得分子的分子结构间相互作用的
7、图像目目 录录(4)Taxonomy即生物学门类数据库,可以按生物学门类进行检即生物学门类数据库,可以按生物学门类进行检索或浏览其核苷酸序列、蛋白质序列、结构等索或浏览其核苷酸序列、蛋白质序列、结构等(5)PopSet包含研究一个人群、一个种系发生或描述人群包含研究一个人群、一个种系发生或描述人群变化的一组组联合序列变化的一组组联合序列PopSet既包含了核酸序列数据又包含了蛋白质既包含了核酸序列数据又包含了蛋白质序列数据序列数据目目 录录(7)(7)文献数据库文献数据库PubMed:生物医药科学的检索系统生物医药科学的检索系统 OMIM:孟孟德德尔尔遗遗传传学学数数据据库库是是人人类类基基因
8、因和和基基因疾病的目录数据库因疾病的目录数据库其他:书目,杂志,文章引用匹配等其他:书目,杂志,文章引用匹配等该该数数据据库库包包括括原原文文信信息息、图图片片和和参参考考信信息息,同同时时还还可可以以链链接接到到Entrez系系统统MEDLINE数数据据库中相关文献和序列信息库中相关文献和序列信息 目目 录录2.NCBI数据库检索数据库检索 在检索框中输入检索词,检索词间默认逻辑关在检索框中输入检索词,检索词间默认逻辑关系为系为AND,检索规则基本同,检索规则基本同PubMed 可可以以通通过过下下拉拉菜菜单单选选择择记记录录的的显显示示格格式式,通通常常选选择择GenBank Report
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- 理学 生物化学 分子生物学 八年 课件 26